Su objetivo general es la identificación de cultivos o especies que presenten una alternativa de negocio a la agricultura tradicional. Continuamente se genera, valida y se transfiere tecnologías, tomando en cuenta las condiciones agro-ecológicas de Honduras y que su implementación esté en armonía con la protección ambiental. El énfasis es dado a cultivos con potencial de exportación o substitución rentable de importaciones, que puedan ser producidos por pequeños, medianos y grandes agricultores.

El Programa de Diversificación brinda apoyo tecnológico a productores en diversos rubros (frutas, especias y raíces y tubérculos) de exportación. El Programa maneja varias colecciones de frutales que son la base para la propagación de plantas convencionales de cítricos, mangos y aguacates, así como, frutales exóticos (rambután, mangostán, litchi, longan, carámbola, etc.) y frutales tradicionales como guanábana, zapote, nance, coco, cacao, etc., los que se ofrecen al público como alternativa a las diferentes condiciones de clima y suelo encontradas en el territorio nacional.

Adicionalmente el Programa enfoca acciones para contribuir a encontrar alternativas que permitan resolver los problemas causados por plagas, como el picudo del coco (Rhynchophorus palmarum), y enfermedades como: el HLB (Huanglongbing) o enverdecimiento de los cítricos, ALC (Amarillamiento Letal del Cocotero), y la roya (Puccinia psidii) en pimienta gorda.