El Programa de Cacao y Agroforestería orienta sus actividades a la generación, validación y transferencia de tecnología en el cultivo de cacao y sistemas agroforestales, con potencial para pequeños y medianos productores establecidos en zonas de ladera de alta precipitación, que sean alternativas a la agricultura migratoria y contribuyan a la protección de los recursos naturales y el ambiente.

Entre las principales actividades que ejecuta el Programa están la evaluación de materiales genéticos de cacao para distribución entre los productores de aquellos con mayor potencial productivo, tolerancia a enfermedades y calidad de grano; prácticas de control de enfermedades con énfasis en control cultural de la moniliasis (Moniliophthora roreri) y la mazorca negra (Phytophthora sp.), principales enfermedades del cacao en el país y la región y manejo de poscosecha del grano, así como evaluación de especies forestales con potencial en la industria de la madera y que pueden usarse exitosamente como sombra del cultivo y en linderos y caminos dentro de la finca.